Судебно-экспертные учреждения системы Минюста России, тогда еще РСФСР, начали организовываться после окончания войны, в 50-е годы. Вместе с другими экспертными учреждениями (Кемеровской, Тюменской, Забайкальской, Самарской) Красноярская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы была образована по распоряжению Совета Министров РСФСР № 3583 от 23.06.1959 г.

Первым начальником Красноярской научно-исследовательской лаборатории стал 40-летний прокурор, участник Великой Отечественной войны Шатунов Александр Алексеевич, и прослужил он в этой должности 20 лет, до 1979 года. Александр Алексеевич заложил основы кадрового формирования учреждения, при нем в лаборатории получили развитие такие виды экспертиз как: почерк, техническое исследование документов, трасология, баллистика, автотехническая и бухгалтерская экспертизы, химические исследования.

Среди первых экспертов оказалось и несколько участников Великой Отечественной войны, и все они внесли свою лепту в развитие лаборатории. Иосиф Кузьмич Лепетченко работал в должности эксперта-автотехника с 1959 по 1987 год; Иван Васильевич Кирьянов работал в должности эксперта-бухгалтера с 1963 по 1990 год; Валериан Андреевич Марков работал в должности эксперта-трасолога и баллиста с 1964 по 1971 год.

Обеспечение учреждения техникой, оборудованием, мебелью и материалами в те времена было очень скудным. Приходилось приспосабливать все подручные материалы при фотосъемке объектов криминалистического исследования, так как не было необходимого оборудования, выпрашивать и обменивать химреактивы и другие расходные материалы у коллег из МВД и в других химических лабораториях, налаживать контакты с заводскими и институтскими лабораториями.

В таком положении в 50-е годы находились практически все экспертные учреждения страны, да и не только они. Но, несмотря на трудности послевоенного становления Российской Федерации и всего Союза ССР, первые эксперты были заражены энтузиазмом создания независимой судебной экспертизы и очень гордились, когда с помощью экспертизы оперативно добывались достоверные доказательства, раскрывались уголовные дела. Все проблемы преодолевались ими с молодым задором, в честном соревновании и соперничестве. В поиске новых подходов к решению экспертных задач, не считаясь с личным временем, материальными затратами и даже с собственным здоровьем, наши эксперты активно осваивали премудрости криминалистики и научных методов исследования, внимая при этом основным заповедям экспертов: «истина рождается независимостью, неподкупностью и принципиальностью эксперта» и «всегда сомневайся в пользу подозреваемого».

После образования учреждения коллектив начинает постепенно расширяться. Спустя 10 лет после образования коллектив вырос с 8 до 16 единиц, затем до 19 единиц (в 1976 году), дальше — 26 единиц (1985 год). В лаборатории начали образовываться отделы, стало поступать оборудование. В арсенале экспертов кроме «визуального, органолептического методов» и микроскопии появился спектральный и хроматографический методы исследования. Современная судебная экспертиза обогатилась информационными технологиями в самых различных направлениях изучения объектов исследования. Появилось новое инструментальное оборудование: ИК-Фурье спектрометр, аппаратно-программный комплекс для атомно-эмиссионного анализа, новые хроматографы, микроскопы нового поколения.

Лаборатория во второй половине 90-х годов,на основе внебюджетной деятельности, начала развивать такие виды экспертиз как: автотовароведческая, судебно-психологическая, товароведческая, строительно-техническая, исследование сложнобытовой техники, исследование маркировочных обозначений, компьютерно-технические исследования. Количество работающих экспертов при этом увеличилось вдвое, образовались новые отделы и подразделения. Становление в лаборатории каждого из новых видов сопровождалось и организационными трудностями и межведомственной конкуренцией, поэтому не все из перечисленных видов исследования сохранились после того, как в январе 2007 года все внебюджетные единицы были сокращены и Минюстом России установлена численность Красноярской ЛСЭ в 46 штатных единиц.

Сегодня в лаборатории проводятся исследования по 32 экспертным специальностям, в их числе как традиционные криминалистические исследования (почерк, техника, трасология, баллистика), исследование широкого круга материалов, веществ и изделий, так и нетрадиционные криминалистические виды, круг которых в связи с потребностью суда и следствия постоянно расширяется.

В последние годы выявилась острая потребность и получили развитие такие виды экспертных исследований, как финансово-экономические, строительно-технические, товароведческие, исследования сложной бытовой техники и прочие.

Только перечисление всех видов экспертизы, проводимых в ЛСЭ, показывает, насколько должен быть различен спектр специальных знаний экспертов, работающих в лаборатории судебной экспертизы.

За период существования экспертного учреждения его наименование неоднократно изменялось:

• Научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР (НИЛСЭ);
• Научно-исследовательская криминалистическая лаборатория Министерства юстиции РСФСР (НИКЛ);
• Научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации (НИЛСЭ);
• Лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации (ЛСЭ);
• Государственное учреждение Красноярская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации;
• Ныне действующее наименование учреждения - федеральное бюджетное учреждение Красноярская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации (ФБУ Красноярская ЛСЭ Минюста России).

Неизменными оставались только задачи, стоящие перед СЭУ – производство судебных экспертиз и экспертных исследований по заданиям органов прокуратуры, судов, МВД, ФСБ, таможенных, налоговых органов, органов дознания, предварительного следствия, должностных лиц, наделенных правом назначения экспертиз.

Как и вся правоохранительная система, государственные экспертные учреждения сегодня на пороге значительных перемен. Мы уверены, что грядущие перемены сохранят нашу систему высокопрофессиональной, независимой, социально и материально обеспеченной.